Практикум 11

1. Выбор семейства доменов из Pfam.

Для выполнения 11 задания я выбрал семейство доменов Protein adenylyltransferase SelO.

2. Описание семейства

Таблица 1. Описание семейства доменов

AC pfam	ID pfam	SEED	All(cellular organism)	SW	architectures	3D	Taxonomy-eukaryota	Taxonomy-archaea	Taxonomy-bacteria
PF02696	SelO	47	24k	259	77	5	5k	250	20k

Таксономия и функции: SelO и его гомологи широко распространены среди большинства таксонов эукариот, а также среди многих основных таксонов бактерий и архей. SelO - это консервативная псевдокиназа, которая переносит AMP из АТФ в остатки Ser, Thr и Tyr на белковых субстратах. У эукариот-это митохондриальный белок, который может быть вовлечен в окислительно-восстановительную биологию.

picture_1 — Рисунок 1. 6LNA(Комплекс YdiU с AMPPNP и Mn2+) - трансфераза организма Escherichia coli (strain K12)

picture_2 — Рисунок 2. 6EAC(Pseudomonas syringae SelO) - трансфераза организма Pseudomonas syringae

3. Выравнивание seed с точки зрения гомологичности всех последовательностей или их подмножества

Я скачал выравнивание SEED.ann со страницы семейства Pfam и переименовал его в Alignment.msf. Далее открыл выравнивание в Jalview, сделал выбор Color => Clustal и Color =>Above identity threshold (100%).

1) максимальный блок достоверного выравнивания - включающий фрагменты из всех последовательностей.

Максимальные блоки выравнивания: 29-31, 37-41, 65-66, 70-71, 73-74, 77-78, 87-88. Также присутствуют консервативные во всех последовательностях аминокислоты: 25, 27, 68, 82, 118, 134.

picture_3 — Рисунок 3. Выравнивание всех последовательностей домена.

2) В отдельном файле я искал столбцы включающие фрагменты не из всех последовательностей. Для этого я снизил Above Identify Threshold со 100 до 80%.

Максимальные блоки выравнивания: 3-4, 33-34, 99-100. Отдельные консервативные аминокислоты: 19, 22, 44, 46, 47, 59, 91, 93, 95, 102, 104, 106, 103, 131.

picture_4 — Рисунок 4. Выравнивание для группы последовательностей.

3) Участок выравнивания, на котором нет основания считать, что выравнивание отражает ход эволюции

Участки 7-13, 53-54 и 61-62 не отражают хода эволюции, так как не имеют достоверных подблоков и в большинстве последовательностей стоят гэпы.

5. Карта локального сходства (dotplot) двух последовательностей с одним и тем же доменом, но с разной доменной архитектурой

Таблица 1. Описание семейства доменов

доменная архитектура 1	Белок с архитектурой 1	доменная архитектура 2	Белок с архитектурой 2
PF02696 - PF00147	A0A151PET6	PF07690 - PF02696	A0A3M7NBY5

picture_5 — Рисунок 5. Карта локального сходства (dotplot)

На данном графике мы видим что выравнивание прошло успешно. Присутствует 11 инделей, но в целом последовательности довольно схожи.