Задание 1

Я взял домашнюю собаку Canis lupus familiaris, одно из наиболее популярных домашних животных. Плацентарное млекопитающее семейства хищных. Выведено множество различных пород собак для различных целей (охоты, декоративных, транспортировки). Считается, что собака была выведена в Старом Свете в эпоху верхнего палеолита. Генетические исследования показали, что волк и собака отделились приблизительно 135 тысяч лет назад.

Информация о сборке генома лабрадора-ретривера:

• Число сборок: 1
• Название сборки: ROS_Cfam_1.0
• RefSeq: GCF_014441545.1
• Уровень сборки: Scaffold
• Общая длина последовательности: 2,396,858,295
• Число скэффолдов: 376
• Скэффолд N50: 64,037,277
• Скэффолд L50: 15
• Число контигов: 951
• Контиг N50: 12,024,593
• Контиг L50: 54
• Контиг

Задание 2

Для поиска генома нужного вируса я воспользовался в NCBI следующим запросом: "Leviviridae"[Organism] AND 00000004000[SLEN] : 00000005000[SLEN]) AND "complete genome"[All Fields]. Это позволило найти вирусы из нужного семейства с размером генома 4-5 тысяч п.н. Количество находок в GenBank составило 12, а в RefSeq - 2.

• Organism: Enterobacteria phage NL95 (NCBI:txid75725)

• AC: AF059243.1

• Геном представлен одноцепочечной РНК(+)

• Хозяинами являются бактерии из семейства Enterobacteriaceae, включающее в себя множество патогенных (и не очень) грамотрицательных микроорганизмов (например, сальмонелла, кишечная палочка, чумная малочка и т.д.). Обитают в микрофлоре кишечника, почве, водоемах или даже паразитируют на растениях.

• Геном с CDS

Задание 3

• regulatory определяет области последовательности, участвующие в регуляции каких-либо процессов (например, сигнал образования полиА-хвоста, промотор, энхансер и т.д.).

NM_018947.6

    regulatory    5411..5416
                               /regulatory_class="polyA_signal_sequence"
                               /gene="CYCS"
                               /gene_synonym="CYC; HCS; THC4"
                               /note="hexamer: AATAAA"

• exon определяет область экзона, то есть участка, который остается после сплайсинга.

X53310

	exon           387..561
              		       /gene="penDE"
                   	       /number=2

• intron определяет область интрона, то есть участка, который удаляется во время сплайсинга.

M37262.1

   intron         2612..2685
                     	       /note="alcohol dehydrogenase intron B"

• mat-peptide определяет область, которая остается после протеолитического созревания белка.

AB701735.1

  mat_peptide     1181..2554
                               /product="HC-Pro protein"

• polyA_site определяет область начала полиА-хвоста.

NM_006573.5

polyA_site      2576
                     /gene="TNFSF13B"
                     /gene_synonym="BAFF; BLYS; CD257; DTL; TALL-1; TALL1;
                     THANK; TNFSF20; TNLG7A; ZTNF4"
                     /note="major polyA site"