Задание 1

С помощью команды fiber -a(b,z) -seq=GATC -rep=5 gatc-a(b,z).pdb были получены следуюшие PDB-файлы: А-форма ДНК, B-форма ДНК, Z-форма ДНК

В экспериментальной структуре ДНК 1bna (B-форма) был взят 7-й тимин. Красным цветом окрашены атомы, смотрящие в сторону большой бороздки, а синим - в малую.

В сторону большой бороздки обращены атомы - t7.C4, t7.C5, t7.C6, t7.C7, t7.O4

В сторону малой бороздки обращены атомы - t7.C2, t7.O2

Рис. 1, Тимин с окраской по атомам

Задание 2

Затем были взяты экспериментально полученные A-, B- и Z-формы и измерены различные параметры, представленные в (Таблице 1). Для измерения я брал несколько участков цепи и находил среднее.

Таблица 1. Параметры A-, B- и Z-форм ДНК
A-форма
B-форма
Z-форма
Тип спирали Правая Правая Левая
Шаг спирали, А 28,3 33,7 43,5
Оснований на виток 11 10 12
Ширина большой бороздки, А 16,7 17,5 23,6
Ширина малой бороздки, А 8,0 12,8 19,7

Задание 3

Далее я проводил анализ структуры тРНК в комплексе с глутамил-тРНК-синтетазой (PDB 1GTS). Для этого я скачал PDB-файл и с помощью команды find_pair -t 1gts.pdb stdout | analyze получил следующий файл.

Было обнаружено 4 участка стебля (1 цепь, 2 цепь):

  1. 2-7, 66-71
  2. 49-53, 61-65
  3. 26-33, 37-44
  4. 10-12, 23-25

Также были найдены 6 стабилизирующих одиночных H-связи между 55-18, 54-58, 13-45, 14-8, 15-48, 19-56 остатками первой и второй цепи соответственно.

Структура содержала 8 пар с не Уотсон-Криковскими взаимодействиями:

  1. 12 U-**--A [2] O2 - N6 2.80 N3 - N7 2.87
  2. 13 U-**+-G [1] O2 - N1 2.67
  3. 14 A-**--U [1] N6 - O2 3.20
  4. 15 U-*---U [1] O4 - N3 3.12
  5. 21 C-**--A [1] N3 - N6 3.42
  6. 25 A-**+-A [2] N6 - N1 2.95 N1 - N6 2.80
  7. 26 A-**--U [2] N7 - N3 2.79 N6 - O2 2.59
  8. 27 G-**+-C [2] N1 - O2 2.78 N2 - N3 2.87
© Руслан Нагимов, 2021