| Организм: Danio rerio, zebrafish (Данио-рерио). Данная рыба имеет небольшую длину (4-5 см) и обитает в реках Южной Азии. Данио-рерио - это модельный организм для изучения развития позвоночных, биологии развития и генетических заболеваний человека. |
|
| Число сборок | 12 |
| Assembly name | fDreCBz1.1 |
| AC (RefSeq) | - |
| GenBank assembly accession | GCA_903798165.1 (latest) |
| Assembly level | Chromosome |
| Total sequence length | 1,421,796,480 |
| Number of scaffolds | 46,554 |
| Number of contigs | 144,175 |
| Scaffold N50 | 48,671,076 |
| Scaffold L50 | 13 |
| Contig N50 | 17,459 |
| Contig L50 | 19,310 |
| Файл с контигом | contig50 |
Примечание
Контиг - секвенированный без пропусков фрагмент ДНК, собирается в компьютере из прочтений
Скэффолд - набор контигов, про которые известно взаимное расположение и примерное расстояние; разрывы заполняют соответствующим количеством букв N
N50 - длина самого длинного контига, такого, что этот и все более длинные контиги покрывают более половины генома
L50 - номер контига (при упорядочивании по убыванию длины), длина которого равна N50
Был произведен поиск полных геномов длиной 3000-4000 среди семейства вирусов Leviviridae:
((Leviviridae[Organism]) AND 3000:4000[Sequence Length] AND complete genome)
Общее количество находок: 19
Количество находок в GenBank : 16
Количество находок в RefSeq : 3
| Среди найденных 19 полных геномов был выбран геном Escherichia phage MS2 |
|
| AC | MK213795 |
| Латинское название | Escherichia phage MS2 |
| TaxID | 12022 |
| тип генома | RNA, single strand, linear |
| тип генома | RNA, single strand, linear |
| хозяина вируса | Escherichia coli |
| файл с участками генома, предположительно кодирующими белки (CDS) | CDS |
Примечание
Получение файла с кодирующими белками (CDS): "Send to" > "Coding Sequences" > "FASTA Nucleotide"
| Feature key | Описание | AC | Фрагмент записи |
| exon | экзон | NM_025099 | 1..53 /gene="CTC1" /gene_synonym="AAF-132; AAF132; C17orf68; CRMCC; tmp494178" /inference="alignment:Splign:2.1.0" |
| misc_feature | последовательность, для которой известна вторичная структура/третичная структура/конформация | NM_025099 | 1002..1061 /gene="CTC1" /gene_synonym="AAF-132; AAF132; C17orf68; CRMCC; tmp494178" /note="propagated from UniProtKB/Swiss-Prot (Q2NKJ3.2); |
| regulatory | участок последовательности, который регулирует процессы транскрипции, трансляции, репликации и укладку хроматина | NM_025099 | 4014..4019 /regulatory_class="polyA_signal_sequence" /gene="CTC1" /gene_synonym="AAF-132; AAF132; C17orf68; CRMCC; tmp494178" /note="hexamer: AATGAA" |
| polyA_site | поли-А сайт мРНК | NM_025099 |
4033 /gene="CTC1" /gene_synonym="AAF-132; AAF132; C17orf68; CRMCC; tmp494178" /note="major polyA site" |
| repeat_region | область генома, содержащая повторы | M63936 | 1..448 /note="X element repeats" /rpt_type=direct |