Задание 1
В рамках данного практикума с помощью программы Зeinverted из пакета EMBOSS были найдены инвертированные участки в нуклеотидных последовательностях. Для этого программа была запущена со следующими параметрами:
!einverted -sequence 1i9v.fasta -gap 15 -threshold 10 -match 4 -mismatch -10 -outfile 1i9v.outfile -outseq 1i9v.outseq
Таблица 1. Сравнение вторичной структуры.
| Участок структуры | Позиции в структуре по find_pair | Результаты с помощью einverted | Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
|---|---|---|---|
| Акцепторный стебель | 1-7:66-72 (6 пар + 1 неканоническая) | нет | 7 из 7 пар |
| D-стебель | 10-13:22-25 (4 пары) | нет | 4 из 4 пар |
| T-стебель | 49-52:62-65 (5 пар) | 5 из 5 пар | 5 из 5 пар |
| Антикодоновый стебель | 40-43:27-30 (4 пары) | 4 из 4 пар, 4 лишних | 4 из 4 пар, 1 лишняя |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 19 | 9 | 19 |
Задание 2
скрипт 1
скрипт 2
Таблица 2. ДНК-белковые контакты в структуре 1mdm.
| контакты атомов белка с | полярные | неполярные | всего |
|---|---|---|---|
| остатками 2'-дезоксирибозы | 3 | 13 | 16 |
| остатками фосфорной кислоты | 9 | 6 | 15 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 4 | 11 | 15 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 0 | 1 | 1 |
С помощью программы nucplot получена популярная схема ДНК-белковых контактов.
ARG137 имеет пять контактов с ДНК
GLY85 связан не с остовом, а с двумя азотистыми основаниями, поэтому он, видимо, наиболее важен для распознования ДНК
