Этот домен специфичен для ферментов, участвующих в заключительном этапе пути биосинтеза D-эритроаскорбиновой кислоты (КФ: 1.1.3.-).
Было решено добавить этот пункт для описания функции домена.
Taxonomy
#eukaryota
6433
#archaea
68
#bacteria
13080
#viruses
11
Этот пункт был добавлен для понимания встречаемости белков с доменом семейства среди вирусов.
Таблица 2. Описание двух доменных архитектур
Информация
Комментарии
Доменная архитектура 1
PF04030 - PF22906
295 белков
Белок с архитектурой 1
Q9FM84
252 аминокислоты
Доменная архитектура 2
PF00702 - PF00561 - PF01565 - PF04030
6 белков
Белок с архитектурой 2
L9KIM5
1044 аминокислоты
Рисунок 1. Карта локального сходства двух белков (по горизонтали - Q9FM84, по вертикали - L9KIM5)
Для построения карты локального сходства использовался порог E-value, равный 0.05. По информации со страниц Interpro, домен PF04030 имеет координаты 60-198 в белке Q9FM84 и 748-1042 в белке L9KIM5. При этом как раз примерно эти участки и отразились на карте локального сходства. Однако стоит также отметить, что один и тот же домен не полностью идентичен у этих двух белков: так, например, имеются несколько делеций (или инсерций).
