Белок grl4197
Структура в целом
Белок grl4197 (идентификатор записи 3EAM) является мембранным транспортным белком. Длина - 317 аминокислот.
Имеет 5 главных идентичных цепей, расположенных в виде трансмембранной поры. Пентамерные лиганд-управляемые ионные каналы из семейства Cys-loop опосредуют быструю хемоэлектрическую трансдукцию, но механизмы ионной проницаемости и пропускания этих мембранных белков остаются неясными. Структура организована как воронкообразная трансмембранная пора, широко открытая с внешней стороны и выстланная гидрофобными остатками. Содержит 2 лиганда – LMT и PC1.
Весь белок состоит из одной биологической единицы.(рис.3) Биологическая единица grl4197 – пентамерный белок (который состоит из пяти белковых субъединиц, образующих канал).
Вторичная структура белка содержиит больше Альфа спиралей. (рис.4)
Отдельные цепи
Цепи A, B, C, D, E
Организм: Gloeobacter violaceus (штамм ATCC 29082 / PCC 7421)
uniprot_id: Q7NDN8
Название: Протон-управляемый ионный канал
Мутации в последовательности отсутствуют, относительно референса из Uniprot
Модифицированных аминокислотных остатков нет.
Малые молекулы
1. LMT: LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE (рис.5)
Функции:
Cтабилизация белковой структуры.
Предотвращение денатурацию.
Имитируют взаимодействия с лигандами.
Повышает растворимость белка.
Если LMT молекулы находятся в активном центре, то участвуют в каталитических процессах или регуляции активности белка. Если они расположены вдали от активного центра, то поддерживают стабильности белка.
2. PC1: PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE (алтернативное название:PC1 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE) (рис.6)
Функции:
Обеспечивает целостность и стабильность мембраны. Он помогает формировать барьер между внутренней средой клетки и внешней средой.
Действует как сигнальные молекулы, участвует в клеточной сигнализации и регуляции клеточных процессов.
Может взаимодействовать с мембранными белками, влияет на их конформацию и активность.
Способствовует правильной локализации белков в мембране.