В UniPritKB было введено название бактерии Vescimonas fastidiosa, поиск выдал 2,412 белков.
Была предпринята попытка сократить число выборки, поэтому был введен фильтр на полипротеины. Выдача показа 3, белки имели название:RecD2 DNA-хеликаза, рассположение в гене recD2
Однако можно взять белок понтереснее, поэтому вместо фильтра по полипептидам, был установлен по расположениюна генах, (введен был ген prs, так как у большинства бактерий он кодирует метаболитические процессы, а у кишечных бактерий н имеет особое значение). Из которых подробно аннотированом была Рибозофосфатпирофосфокиназа.
Выбран этот белок был, так как может быть это потенциальная мишень для борьбы с инфекцией. Подавление PRPP-синтетазы может нарушить метаболизм V. fastidiosa и снизить её патогенность.
Фермент рибозофосфатпирофосфокиназа (PRPP-синтетаза, prs ген) в Vescimonas fastidiosa катализирует образование 5-фосфорибозил-1-пирофосфата (PRPP) – ключевого метаболита для:
Синтеза нуклеотидов (ДНК/РНК), необходимых для размножения бактерии.
Биосинтеза NAD⁺ – кофактора, критичного для энергетического обмена.
Образования аминокислот (гистидин, триптофан), важных для роста.
Без PRPP бактерия не сможет размножаться и адаптироваться к условиям в организме-хозяине.
Катализирует синтез 5-фосфорибозил-1-пирофосфата (PRPP), важного промежуточного соединения в биосинтезе нуклеотидов и гистидина. Присутствует у большинства бактерий, что делает его интересным для сравнительного анализа. Запись в Swiss-Prot означает, что белок хорошо изучен и имеет подтверждённые данные.
ID:UniRef90_A0A810PR83
Size:1
Length:319
Name:Ribose-phosphate pyrophosphokinase
ID:UniRef50_A0A810PR83
Size:118
Length:318
Name:Ribose-phosphate pyrophosphokinase
Длина 319 АА (UniRef90) и 318 АА (UniRef50) указывает на высокую степень гомологии с другими бактериальными PRPP-синтетазами. Принадлежность к UniRef50 (кластер из 118 белков) подтверждает эволюционную консервативность фермента.