Выравнивание последовательностей

1. Результаты глобальных и локальных выравниваний гомологичных белков

Для данного отчета были выбраны следующие мнемоники: 6PGD, 6PGL, ABRB. Для каждой мнемоники были построены глобальные и локальные выравнивания. Результаты представлены в таблицах ниже.

Таблица 1. Глобальное парное выравнивание гомологичных белков

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels
6-фосфатглюконат дегидрогиназа	6PGD_ECOLI	6PGD_BACSU	1718.0	70.0%	83.4%	3/470	3
6-фосфатглюколактоназа	6PGL_ECOLI	6PGL_BACSU	304.5	25.3%	42.0%	62/371	12
Белок регулирующий переходное состояние ABrB	ABRB_ECOLI	ABRB_BACSU	5.0	0.5%	0.9%	420/432	2

Таблица 2. Локальное парное выравнивание гомологичных белков

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
6-фосфатглюконат дегидрогиназа	6PGD_ECOLI	6PGD_BACSU	1719.0	70.1%	83.6%	3/469	3	99.5%	99.5%
6-фосфатглюколактоназа	6PGL_ECOLI	6PGL_BACSU	317.0	30.6%	48.7%	16/265	6	75.8%	75.7%
Белок регулирующий переходное состояние ABrB	ABRB_ECOLI	ABRB_BACSU	27.0	36.4%	81.8%	0/11	0	2.8%	10.4%

Вывод:

Глобальное выравнивание показывает, что 6PGL_ECOLI и 6PGL_BACSU имеют низкую общую идентичность (25.3%), но локальное выравнивание выявляет гомологичные участки с повышенной идентичностью (30.6%) и покрытием ~75%, что указывает на частичную гомологию.

Локальное выравнивание здесь информативнее, так как исключает негомологичные фрагменты, в отличие от глобального, где выравнивание "размазано" из-за множества gaps. Для близкородственных белков (6PGD_ECOLI/6PGD_BACSU) оба метода дают схожие результаты, а для далёких (ABRB_ECOLI/ABRB_BACSU) локальное выравнивание выявляет малые консервативные мотивы, незаметные при глобальном анализе.

2. Результаты выравниваний не гомологичных белков

Таблица 3. Выравнивание белков цинтросинтазы и ацетан коэзин А карбоксиназа субьединица альфа.

Algoritm	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
needle	CISY_ECOLI	ACCA_BACSU	36.0	14.6%	24.6%	250/501	22	-	-
water	CISY_ECOLI	ACCA_BACSU	45.5	21.0%	40.6%	40/138	8	29.2%	33.5%

Вывод:

Глобальное выравнивание (Needle) белков CISY_ECOLI и ACCA_BACSU показывает крайне низкое сходство (14.6% идентичности), что свидетельствует об отсутствии значимой гомологии. Локальное выравнивание (Water) выявляет небольшой участок с повышенной идентичностью (21%) и схожестью (40.6%), но крайне ограниченным покрытием (~30%), что может указывать на слабую консервативность отдельных мотивов.

Таким образом, эти белки, скорее всего, не являются гомологами, а локальные совпадения могут быть случайными или отражать конвергентную эволюцию второстепенных структур.

3. Множественное выравнивание белков и импорт в Jalview

Множественное выравнивание проводилось с мнемоникой белка 6PGD (6-фосфатглюконат дегидрогиназа), поиск выдал 65 белков. Встречаються и полностью совпадающие участки.

что получилось