Задание 1
Была исследована тРНК C из файла 2cv1.pdb. Для предсказания вторичной структуры тРНК была использована программа einverted из пакета EMBOSS. Команда: einverted -sequence 2cv1_rna -gap 12 -threshold 0 -match 3 -mismatch -4 -outfile outfile -outseq seqout
По алгоритму Зукера с помощью ViennaRNA:
На основе предсказания программ find_pair, einverted и ViennaRNA была построена таблица:
| участок cтруктуры | позоция структуры | результаты предсказания с помощью einverted | результаты предсказания по алгоритму Зукера |
|---|---|---|---|
| Акцепторный стебель | 1G - 7A и 72C- 66U | 3C - 7A и 69G - 65T | 1G - 7A и 71C - 65U |
| D-стебель | 10G - 13U и 25C - 22G | - | 10C - 13U и 25G - 22G |
| T-стебель | 49G - 53G и 65C - 61C | - | 48G - 52G и 64C - 60C |
| Антикодоновый стебель | 38A - 44A и 32C - 26C | - | 39G - 43G и 31C - 27C |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 23 | 5 | 21 |
Задание 2
При проведении анализа были приняты следующие критерии: К полярным атомам отнесены кислород (O) и азот (N). К неполярным атомам отнесены углерод (C), сера (S) и фосфор (P). Полярное взаимодействие регистрируется при межъядерном расстоянии менее 3.5 Å. Неполярное (гидрофобное) взаимодействие регистрируется при расстоянии менее 4.5 Å.
| Контакты атомов белка с: | Полярные | Неполярные | Всего |
|---|---|---|---|
| остатками 2'-дезоксирибозы | 8 | 40 | 35 |
| остатками фосфорной кислоты | 19 | 16 | 35 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 13 | 11 | 24 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 3 | 7 | 10 |
С помощью программы nucplot была получена популярная схема ДНК-белковых контактов в комплексе 1h9t.
Была найдена аминокислота с самым большим количеством контактов: Gly66(A). На рисунке 4 изоражена эта аминокислота и соответствующие связи.
В предполагаемом участке связывания обнаружены четыре аминокислоты. Они принадлежат разным фрагментам B-цепи, но взаимодействуют с парой соседних нуклеотидов.