Arabidopsis thaliana

Выбор генома

Всего у Arabidopsis thaliana было найдено 344 генома. Был выбран референсный.

Идентификатор GenBank	GCA_000001735.2
Идентификатор RefSeq	GCF_000001735.4
Уровень сборки генома	Chromosome
Общий размер генома	119.1 Mb
Число фрагментов генома в сборке	5
Contig N50	11.2 Mb
Contig L50	5
Scaffold N50	23.5 Mb
Scaffold L50	3

Работа с поисковыми системами ENA и NCBI

Был выбран трипсин - фермент, который вырабатывает поджелудочная железа для расщепления белков на более мелкие пептиды.

1. По запросу trypsin[Title] было найдено 22,169 записей.

1,478 записей относятся к genomic DNA/RNA и 20,231 записей к mRNA.

2. 15,274 записи получены из RefSeq и 6,883 из GenBank

3. Запрос trypsin[Title] AND Human[Organism] выводит записи, описывающие последовательности человека. Было найдено 331, к mRNA относится 304 записи, к genomic DNA/RNA - 14, а к transcribed RNA - 8. (из 331, 280 - из GenBank, 51 - из RefSeq, остальные из DDBJ(15), ).

4. По запросу trypsin[Title] not inhibitor[title] было найдено 17,188 записей. Можно сказать, что почти 5 тысяч записей со словом trypsin в названии содержат информацию об ингибиторах (в том числе и самого трипсина) или связанных с ними белками, а не о гидролазе трипсин.

5. По запросу description="trypsin" AND mol_type="mrna"ENA вывел 5651 записей
По запросу scientific_name="Homo sapiens" AND description="trypsin" AND mol_type="genomic dna" ENA вывел 25 записей