Реконструкции филогенетичсеких деревьев

Был создан список cyb.list с мнемониками выбранных организмов. Из базы Swiss-Prot были получены последоввательности белков с помощью команды:

seqret @cyb_list cyb.fasta

Эти последовательности были выровнены командой:

muscle -align cyb.fasta -output cyb-alignment.fasta

Для программ по построению филлогенетических деревьев формат выравниваний должен быть "phylip-relaxed", поэтому был создан скрипт по указаниям в инструкции.

Для создания скобочной формулы для построения дерева использховались команды: fastme:

fastme -i cyb.phy -p p -o cyb_pdist.tree

fastme, оценивая эволюционные расстояния с помощью модели MtREV:

fastme -i cyb.phy -p M -o cyb_mtrev.tree

IQ-TREE:

iqtree -s cyb.phy

Скобочные формулу у fastme и MtREV получились одинаковые и филогенетичские деревья, как следствие тоже идентичны. Можно предположить, что это связанно с тем, что были взяты животные разных отрядов.

Обе программы рассчитывают расстояние как долю позиций, по которым последовательности различаются, но MtREV - это модель, созданная специально для митохондриальных белков млекопитающих. Она учитывает наблюдаемые в природе частоты замен одних аминокислот на другие, а значит должна быть более точной. Но так как все таки расстояние между видами разных отрядов слишком большое, даже простая программа fastme справилась с задачей. Даже расстояния совпадают.

Из ниже приведенных филогенетичсеких деревьев похоже на дерево из практикума 1 дерево на рисунке 3, скобочная формула которого была полученна программой iqtree.