Описание белка
Название на русском: Неохарактеризованный белок MJ0091 (или Мембранный белок MJ0091)
pdb id: 5hwy UniProt id: Y091_METJA Из организма Methanocaldococcus jannaschii Это нехарактеризованный мембранный белок, встроенный в клеточную мембрану или мембрану органеллы, функция которого на данный момент неизвестна.
Kоординаты трансмембранных участков белка
| Номер ТМ-участка | OPM | DeepTMHMM |
|---|---|---|
| 1 | (3 - 24) | (3 - 23) |
| 2 | (39- 61) | (48 - 59) |
| 3 | (68 - 92) | (74 - 92) |
| 4 | (103 - 121) | (105 - 120) | 5 | (125 - 143) | (126 - 143) | 6 | (165 - 190) | (162 - 183) | 7 | (200 - 220) | (202- 219) | 8 | (228 - 251) | (233 - 247) | 9 | (258 - 274) | (257 - 275) | 10 | (283 - 298) | (283 - 299) |
Фаил последовательности был скачан из Uniprot
Верхний график показывает наиболее вероятную топологию белка (красные прямоугольники — трансмембранные альфа-спирали). Нижний график отражает вероятность локализации каждого остатка: красная линия — в мембране, синяя — снаружи (outside), розовая - внутри клетки (inside).
Сравнение результатов OPM и DeepTMHMM
Полностью не замеченных участков: Таких участков нет. Оба метода выявили ровно 10 трансмембранных альфа-спиралей. Предсказания перекрываются для всех 10 трансмембранных участков. Для большинства спиралей (ТМ1, ТМ4, ТМ5, ТМ7, ТМ9, ТМ10) границы практически совпадают — разница всего 1-2 аминокислотных остатка с каждого конца. Cильные расхождения наблюдаются в участках 2, 3 и 8. В этих случаях DeepTMHMM предсказывает более короткие спирали, чем база OPM.
Возможно такие различия связаны с разными алгоритмами программ. DeepTMHMM опирается на гидрофобность аминокислотной последовательности, а OPM рассчитывает положение реальной 3D-структуры в липидном бислое.