Практикум 6
Cравнение предсказаний трансмембранных участков в бета-листовом белке
Название - Intimin (Интимин)
Альтернативное название - Attaching and effacing protein (Eae protein), Gamma-intimin
UniProt ID - P43261
PDB ID - 4e1s
Семейство - Autotransporter-3
Организм - Escherichia coli
Функция - необходим для образования прикрепляющихся и стирающих повреждения клеток тканевой культуры
Распологается во внешней мембране клетки
Координаты трансмембранных участков белка:
(211-219) (226-234) (242-251) (256-264) (272-279) (287-296)
(300-308) (329-336) (347-353) (372-380) (387-392) (401-408)
Предсказания DeepTMHMM:
(212-220) (224-232) (243-251) (256-263) (272-280) (289-295)
(301-307) (330-336) (344-351) (373-379) (385-392) (401-408)
Предсказания DeepTMHMM полностью совпали с реальностью только в одном из 12 случаев, в остальных же - координаты начала и/или конца участа отличается +- на 2-3 аминокислоты.
Сравнение предсказаний трансмембранных участков в альфа-спиральном белке
Название - Protein-methionine-sulfoxide reductase heme-binding subunit MsrQ (Гемосвязывающая субъединица белково-метионинсульфоксид редуктазы MsrQ)
Альтернативное название - Attaching and effacing protein (Eae protein), Gamma-intimin
UniProt ID - Q1I4R8 · MSRQ_PSEE4
Организм - Pseudomonas entomophila (strain L48)
Функция - Часть системы MsrPQ, которая восстанавливает окисленные периплазматические белки, содержащие остатки метионинсульфоксида (Met-O), используя электроны дыхательной цепи. Таким образом, защищает эти белки от повреждения окислительным стрессом, вызванного активными формами кислорода и хлора, вырабатываемыми защитными механизмами организма-хозяина. MsrPQ необходим для поддержания целостности оболочки в условиях отбеливающего стресса, спасая широкий ряд структурно не связанных периплазматических белков от окисления метионином. MsrQ поставляет электроны для восстановления каталитической субъединице редуктазы MsrP, используя пул хинонов дыхательной цепи.
Распологается в плазматической мембране клетки
Далее я скачала предсказание AlphaFold трехмерной структуры выданного мне белка, перешла на веб сервис PPM, выбрала сервер PPM 3.0, запустила программу с параметрами:
Type of membrane - Gram-negative bacteria inner membrane
Topology (N-ter) - in (по выдаче DeepTMHMM)