Практикум 7

Базы данных Reactome и STRING

В рамках практикума я получила файл со списком генов для анализа.

Из предложенного перечня программ и веб-сервисов я выбрала Reactome и STRING для проведения исследования.

Reactome

Reactome — это обширная база данных путей, которая предоставляет информацию о биологических процессах и путях, в которых участвуют гены и белки.

Она позволяет визуализировать и анализировать сложные взаимодействия в клетке, что делает её незаменимым инструментом для исследователей.

Используя Reactome, я обнаружила, что большинство генов из моего списка участвуют в метаболизме липидов, поддержании гомеостаза и переваривании пищевых липидов.

STRING

Далее я использовала STRING, который является мощным инструментом для анализа белок-белковых взаимодействий.

STRING предоставляет информацию о функциональных связях между белками, что помогает понять, как они взаимодействуют и координируют свои функции.

Анализ в STRING показал, что все гены из моего списка очень тесно связаны друг с другом.

Это свидетельствует о том, что между ними нет ярко выраженной цепочки, где один ген взаимодействует с другим, а тот, в свою очередь, с третьим.

Вместо этого гены образуют плотную сеть взаимодействий, что указывает на их совместную работу в биологических процессах.

Вывод:

Таким образом, использование Reactome и STRING позволило выявить, что исследуемые гены играют ключевую роль в регуляции обмена веществ. Анализ STRING показал, что все белки тесно связаны друг с другом, образуя плотную сеть без ярко выраженной цепочки взаимодействий.