Практикум 8

Для выполнения этого задания я выбрала одну из предложенных последовательностей - последовательность Козак. Она представляет собой окрестность ATG кодона - старта транскрипции в человеческом геноме.

Позиционная весовая матрица с псевдоотсчетами (PWM)

letter	1	2	3	4	5	6	7	8	9	10	11	12	13
A	2.10	2.03	2.24	2.26	2.97	2.65	2.02	3.74	-4.08	-4.08	2.17	2.48	1.73
T	2.22	1.96	2.23	1.76	1.06	1.95	1.32	-4.08	3.74	-4.08	1.79	2.03	2.29
G	2.81	3.29	2.72	2.84	3.08	2.47	2.86	-3.72	-3.72	4.11	3.38	2.51	3.16
C	2.95	2.56	2.93	3.06	1.90	2.92	3.30	-3.72	-3.72	-3.72	2.31	3.01	2.70

На основе данной матрицы, были посчитаны веса последовательностей и построена гистограмма. Нижний порог веса для определения правильности находки 37.

Гистограмма

Результаты находок

	Обучение	Положительный контроль	Отрицательный контроль
Сигнал (+)	370 (74.0%)	343 (68.6%)	130 (26.0%)
Сигнал (-)	130 (26.0%)	157 (31.4%)	370 (74.0%)

Матрица информационного содержания

Буква	1	2	3	4	5	6	7	8	9	10	11	12	13
A	7.37	6.60	8.97	9.33	24.92	15.96	6.49	67.56	0.00	0.00	8.16	12.74	4.20
T	8.74	5.95	8.86	4.39	1.30	5.84	2.09	0.00	67.56	0.00	4.60	6.60	9.68
G	13.91	26.10	12.28	14.47	19.91	8.64	14.74	0.00	0.00	74.13	29.54	9.15	22.14
C	16.72	9.78	16.29	19.46	3.78	16.15	26.72	0.00	0.00	0.00	6.93	18.15	11.88
IC(j)	46.74	48.43	46.40	47.65	49.90	46.59	50.04	67.56	67.56	74.13	49.23	46.64	47.89

С помощью сайта WebLOGO 3 был построен LOGO

Консервативный участок ATG (старт-кодон), при этом позиции, окружающие ATG, тоже довольно консервативны (в основном там гуанин и цитозин).